与普通鸭蛋相比，咸鸭蛋中部分蛋白质被分解为氨基酸，由于盐腌，使蛋内盐分增加，蛋内无机盐也随之略增。生蛋黄中的脂肪由于与蛋白质结合在一起，看不出含有油脂，腌制时间久了，蛋白质会变性，并与脂肪分离，脂肪聚集在一起就成了蛋黄油，蛋黄中带有红黄色卵黄素及胡萝卜素，溶于蛋黄油呈红黄色，增加咸蛋的感官性状，咸鸭蛋出油是腌好的标志。此外，咸鸭蛋中钙质、铁质等无机盐含量丰富，含钙量、含铁量比鸡蛋、鲜鸭蛋都高，因此是夏日补充钙、铁的好食物。